堆肥過程中許多不同種類的微生物參與。由于原料和條件的變化，各種微生物的數(shù)量也在不斷發(fā)生變化，所以堆肥過程中沒有任何微生物是始終占據(jù)主導(dǎo)地位的。每個(gè)環(huán)境都有其特定的微生物種群，微生物的多樣性使得堆肥在外部條件按出現(xiàn)變化的情況下仍可避免系統(tǒng)崩潰。
參與堆肥過程的主要微生物種類是細(xì)菌、放線菌以及真菌。這三種微生物都有中溫菌和高溫菌。
1，細(xì)菌
在好氧堆肥系統(tǒng)中，存在著大量的細(xì)菌。細(xì)菌憑借大的比表面積，可以快速將可溶性底物吸收到細(xì)胞中。所以在堆肥過程中，細(xì)菌在數(shù)量上通常比體積更大的微生物（如真菌）多得多。在不同的堆肥環(huán)境中分離的細(xì)菌在分類學(xué)上具有多樣性，其中包括假單胞菌屬、克雷伯菌屬以及芽孢桿菌屬的細(xì)菌。
2，放線菌
放線菌是具有多細(xì)胞菌絲的細(xì)菌，因此它更像是真菌。放線菌可以分解纖維素，并溶解木質(zhì)素。同時(shí)，他們比真菌能夠忍受更高的溫度和ph值。所以，盡管放線菌講解纖維iesuhe木質(zhì)素的能力并沒有真菌強(qiáng)，但是它們?cè)诙逊蔬^程中的高溫期卻是分解木質(zhì)纖維素的優(yōu)勢(shì)菌群。在條件惡劣的情況下，放線菌則以孢子的形式存活。研究表明，諾卡菌、鏈霉菌、高溫放線菌和單孢子菌等都是在堆肥中占優(yōu)勢(shì)的嗜熱性放線菌，它們不僅出現(xiàn)在堆肥過程中的高溫階段，同樣也在降溫階段和熟化階段出現(xiàn)。
3，真菌
真菌，尤其是白腐真菌可以利用堆肥底物中所有的木質(zhì)纖維素，由此，真菌的存在對(duì)于堆肥的腐熟和穩(wěn)定具有重要的意義。嗜溫性真菌地霉菌和嗜熱性真菌煙曲菌是堆肥無聊中的優(yōu)勢(shì)種群，其他一些真菌，如擔(dān)子菌、子囊菌、橙色嗜熱子囊菌也具有較強(qiáng)的分解木質(zhì)纖維素的能力。
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