畜禽糞便發酵方法常用的有堆積發酵和塑料袋發酵。此法可殺滅致病微生物和寄生蟲卵，加工過程中不散發臭氣，且養分損失很少，所生產的飼料適口性好。
堆積發酵是將新鮮雞糞收集起來，然后倒入缸內，用水泡開、攪拌、待沉淀后除去上層雜質和下層泥沙。取中層純雞糞，把水瀝干。每10kg雞糞加酵母片15～20g,糖鈣片15～20片，土霉素5～6片，堆積發酵5～6h即可利用。
塑料袋法是將雞糞加入米糠、麩皮和草粉等，裝入塑料袋中，壓緊、封嚴，經過3～5d即可飼用。
此外，還可以利用氧化溝、膨化法、化學物質處理法等對畜禽糞便進行處理，都可以取得很好的效果。
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